Amber version 9 ได้รับการติดตั้งที่ /share/apps/amber9 ซึ่งสามารถชี้ได้โดยตัวแปร $AMBERHOME อย่างไรก็ตาม Amber ไม่ใช่โปรแกรมฟรี โดยผู้ใช้จำเป็นที่จะต้องมีสิทธ์ในการใช้งานซอฟต์แวร์นี้ จากผู้ผลิตก่อน หากผู้ใช้คนใดต้องการที่จะใช้ซอฟต์แวร์นี้ กรุณาติดต่อมาที่ support@thaigrid.or.th และแสดงเอกสารหรือหลักฐานแสดงสิทธ์ดังกล่าว

NOTE: Amber ได้รับการคอมไพล์ให้ใช้งานร่วมกับ MPICH2 วิธีการใช้งานหลักๆในเอกสารนี้ จึงอ้างอิงจากการใช้งาน MPICH2

• สร้าง Job script สำหรับ SGE ดังนี้ (copy and paste)

  #!/bin/bash
  #$ -cwd
  #$ -S /bin/bash
  #$ -j y
  export MPICH_HOME=/share/apps/mpich/intel
  export MPICH_BIN=$MPICH_HOME/bin
  export AMBERHOME=/share/apps/amber9
  APP=/share/apps/amber9/exe/sander.MPI
  ARG="-O -i md2.in -o md2.out -p ABD28181.top -c ABD28181_md1.rst -x ABD28181_md2.mdcrd -r ABD28181_md2.rst -ref ABD28181_md1.rst -inf md2.info"
  if [ "$#" -ge 1 ]; then
          ARG=$@
  fi
  $MPICH_BIN/mpirun -machinefile $TMPDIR/machines -np $NSLOTS -nolocal $APP $ARG

• Submit job script ดังกล่าวเข้าสู่ระบบ SGE โดยให้ระบุจำนวน CPU ที่ต้องการและระบุประเภทของงานเป็น mpich ดังตัวอย่าง

  [user@tera mpich2]$ qsub -pe mpich 4 amber_job_script.job

• ตรวจสอบสถานะของงานโดยคำสั่ง qstat

[user@tera mpich2]$ qstat

• Output และ Error รวมไปถึง Output file ต่างๆของโปรแกรมจะได้ัรับการจัดเก็บใน directory ที่ได้ submit งานดังกล่าว

สำหรับเอกสารเพิ่มเติมเกี่ยวกับการ submit งาน สามารถดูได้ที่นี่ sge_usage