MPICH สำหรับ GNU คอมไพล์เลอร์

คอมไพล์เลอร์โปรแกรมของคุณ

MPICH สำหรับ GNU คอมไพล์เลอร์ติดตั้งอยู่ที่ /share/apps/mpich/gnu คำแนะนำการใช้งานต่อไปนี้จะเป็นแบบทีละขั้นตอนอย่างละเอียด เพื่อที่จะคอมไพล์โค้ดของคุณ ให้พิมพ์ path แบบเต็มของคอมไพล์เลอร์ ที่คุณจะนำมาใช้ตามภาษาของโปรแกรมคุณ ดังแสดงตัวอย่างข้างล่างนี้

[user@tera mpich]$ /share/apps/mpich/gnu/bin/mpicc -o cpi cpi.c

จากตัวอย่างคำสั่งด้านบน ข้อความที่มีสีส้มหมายถึงโค้ดของโปรแกรม MPI และข้อความสีเขียวหมายถึงชื่อโปรแกรมที่สามารถประมวลผลได้ ถ้าคุณต้องการตัวอย่างโค้ดโปรแกรม MPI สามารถดาวน์โหลดได้ที่นี่

ประมวลผลโปรแกรม

หลังจากที่คอมไพล์โปรแกรมของคุณเีรียบร้อยแล้วนั้น คุณจำเป็นต้องส่งงานมาที่ระบบกระจายงาน (scheduling system) โดยคลัสเตอร์นี้ใช้ SGE (Sun Grid Engine) เป็นระบบกระจายงาน วิธีการที่จะประมวลผลโปรแกรมแสดง เป็นทีละขั้นตอนดังต่อไปนี้

• สร้าง job submission สคริปต์สำหรับตัวกระจายงาน SGE ด้วยโปรแกรมสร้างเอกสารที่คุณถนัด เช่น vi หรือว่า nano

  [user@tera mpich]$ vi mpich_test.job

• ตัวอย่างเนื้อหาที่เขียนลงใน job สคริปต์ คุณสามารถศึกษาเป็นตัวอย่างได้ โดยคุณจะต้องตรวจสอบข้อมูลว่าตำแหน่งโปรแกรมของคุณอยู่ที่ใด แล้วให้ระบุที่ตัวแปล MPICH_APP สำหรับตัวแปล $NSLOTS และ $TMPDIR ระบบกระจายงานจะเป็นตัวให้ค่าตัวแปรเหล่านี้

  #!/bin/bash
  #$ -cwd
  #$ -S /bin/bash
  export MPICH_HOME=/share/apps/mpich/gnu
  export MPICH_APP=/home/user/mpich/cpi
  $MPICH_HOME/bin/mpirun -np $NSLOTS -machinefile $TMPDIR/machines \
      $MPICH_APP

• เวลาที่จะ้ส่งงานไปที่ระบบกระจายงาน SGE จะต้องมีการกำหนดตัวเลือกเพิ่มเติมในขณะส่งงานไปที่ระบบกระจายงาน เพราะ่ว่าโปรแกรมนี้จะเป็นโปรแกรมแบบขนาน คุณจะต้องกำหนดสภาพแวดล้อมของระบบกระจายงานให้เป็นแบบขนาน (ที่เน้นสีเขียว)และจำนวนโปสเซสเซอร์ที่ต้องใช้ในการประมวลผล (ที่เน้นที่ส้ม)ด้วยตัวเลือก -pe คุณสามารถที่จะระบุคิวอื่นที่นอกเหนือจากคิวมาตราฐานด้วยตัวเลือก -q คุณสามารถศึกษาการใช้งานคำสั่งของ SGE เพิ่มเติมได้ที่ [SGE Usage][]

  [user@tera mpich]$ qsub -pe mpich 4 mpich_test.job

• แสดงสถานะการทำงานของงานที่ส่งไปที่ระบบกระจายงาน

  [user@tera mpich]$ qstat

• ผลลัพทธ์และข้อความการทำงานผิดพลาดของโปรแกรมจะถูกสร้างที่ไดเร็กทอรี่ ที่ส่งงานไปทีระบบกระจายงาน

MPICH สำหรับ Intel คอมไพล์เลอร์

MPICH สำหรับ Intel คอมไพล์เลอร์จะแนะนำให้คุณนำมาใช้ก็ต่อเมื่อคุณต้องการคอมไพล์โปรแกรม MPI ด้วย Intel คอมไพล์เลอร์ แต่ถ้าคุณใช้งาน MPICH ด้วยคอมไพล์เลอร์ไหนก็ได้ ทางทีมงานขอแนะนำให้ใช้คอมไพล์เลอร์ของ GNU

การใช้งาน MPICH สำหรับ Intel คอมไพล์เลอร์เหมือนกับการใช้งานของ MPICH สำหรับ gnu คอมไพล์เลอร์ แต่มีข้อแตกต่างเล็กน้อยคือ คุณจะต้องแทนที่ path ของ MPICH คอมไพล์เลอร์จาก /share/fs/mpich/gnu เป็น /share/fs/mpich/intel